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單細胞實驗服務
單細胞基因表現分析 Single cell gene expression profiling
傳統基因表現分析是純化一個樣品中所有細胞的 mRNA，接續以 mRNA 定序，而忽略了個別細胞間的異質性。因此威健的單細胞基因表現解決方案為利用 10x Genomics 的油滴包覆單一細胞的技術，可針對樣品中成千甚至上萬的每一顆單細胞同時進行基因表現的量測。透過在大規模細胞群各個細胞的基因表現量，對於揭示細胞種群異質性、識別感興趣的少數亞群以及發現獨特特性的單個細胞至關重要，可廣泛應用於腫瘤免疫、腫瘤靶向治療、腫瘤微環境、發育與細胞分化研究等生物醫學研究。
美國 10x Genomics 公司利用微流體進行單細胞基因表現研究的技術，已廣泛的被全球百大研究機構所採用。威健生技為台灣第一家通過 10x 服務技術之品質認證服務商 (Certified Service Provider)，包含樣本製備、實機操作到數據分析皆經過原廠認可。
- 利用 10x Genomics Next GEM 技術，將單顆細胞與 Barcoded gel bead 進行油滴包覆，形成 Single cell GEM (Gel bead in EMulsion)。
- 以 Barcoded gel beads 上特殊設計之不同條碼寡核苷酸序列，將每一個細胞內的 mRNA 標幟上細胞標籤 (10x Barcode) 與 mRNA 分子條碼標籤 (UMI)。
- 將 GEMs 之 Cell barcoded mRNA 進行反轉錄反應形成 cDNA，並接著匯集所有不同細胞之 Barcoded cDNA 分子進行建庫與定序，再以 Cell Ranger 軟體進行單細胞分群分析。
- 欲深入了解「單細胞基因表現分析」，請見原廠影片。
檢體需求
| Single cell gene expression profiling | |
|---|---|
| 細胞來源建議 | Mammalia cells ( 建議 ) |
| 建議細胞數量 | >10^6 |
| 存活率建議需求 | >75% |
| 分析細胞個數 | 4,000~6,000 ( 建議 ) |
定序量估計
- 平均每顆細胞 >20,000 reads 定序量 (Pair-End Read)
- 透過 10x 單細胞定序分析軟體 Cell Ranger 與結果視覺化軟體 Loupe Browser，可依據各個細胞的基因表現狀況識別出不同基因表現的細胞群，也可彙整來自數個樣品基因表現類似的細胞群，同時可針對來自不同批次實驗的多個樣品進行合併分析。
- 數據呈現 (t-SNE / UMAP plot)
功能：可自動識別出不同細胞群，或手動圈/篩選標的細胞群、產出分群 heatmap、根據指定基因篩選細胞群
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