第三代定序的 PacBio HiFi Reads,兼具有更長讀長 (10~25kb) 且 >99.9% 高準確度的特性,其特點在於能夠更完整地覆蓋基因組,特別是那些複雜的重複序列區域,例如著絲粒、端粒和高度同源的基因家族,同時補足了以往在次世代定序無法獲取的 8% 的基因組區域。除了可完成基因組裝外,長讀長定序還可檢測單核苷酸變異 (SNPs)、插入及缺失變異 (Indels)、結構變異 (SVs)、重複性區域變異 (Repeats),拷貝數變異 (CNVs)、以及甲基化變異 (Methylation),並應用在更多關於人類疾病、人群遺傳學、腫瘤基因組學以及個人化醫療等研究上。
自血液 ( 或組織 ) 樣品萃取 HMW DNA 後,先將樣品 DNA 片段化至最適定序長度 (15~25kb),接著製成啞鈴狀模板 (SMRTbell) 文庫,將文庫進行片段篩選 (>10kb) 可以得到更好的長度產出,並於 PacBio Revio 平台進行定序與後續分析。
| DNA 檢體需求 | |
|---|---|
| 樣品型態 | DNA |
| 總量 | ≧ 10000 ng |
| 濃度 (Qubit) | ≧ 150 ng/ul |
| Qubit/Nanodrop ratio | 0.7~1.3 |
| 純度 | OD260/OD280 ≧ 1.7;OD260/OD230 ≧ 1.5 |
| 體積 | ≧ 70 ul |
| DNA 品質 | GQN10kb > 7.0 ; GQN30kb > 5.0 (Fragment Analyzer system) |
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