TRANSCRIPTOME DE NOVO
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Transcriptome de novo NGS Service

對於未知序列物種之mRNA進行定序及組裝,藉由組裝完成後之Unigene可進行基因表現及功能註解、分子途徑預測分析;另外針對Unigene亦可進行SSR (Simple Sequence Repeat)分析。因此透過次世代定序技術在非模式物種的研究可快速尋找且預測出有意義或表現差異的基因,並可搭配Agilent客製化晶片設計,做為快速篩選基因表現及驗證的實驗工具;藉由NGS技術探索非模式物種之基因表現及其SSR Markers,在農林漁牧業的育種研究儼然已成為未來的趨勢。


實驗流程

樣品條件

RNA QC 標準 :
Sample Type Total RNA (DNase Treat & Dissolved in Nuclease-free Water)
Amount ≧ 5 μg
Concentration ≧ 80 ng/μl
OD260/280 1.8-2.2 OD260/230 ≧ 1.8
28S/ 18S ≧1.5
RNA Integrity Number (RIN) ≧7

定序策略

  1. Illumina Solexa Platform
  2. Paired-End / 4Gb以上的定序量

威健在生物高通量實驗技術服務有相當專業且豐富的經驗。面對NGS熱潮,我們皆以客戶需求為優先考量,依照客戶預算與研究需要,經全盤評估後建議最佳定序量或實驗方式。專業而靈活的服務,每個步驟的用心都值得您信賴!

分析流程及內容


Standard Analysis
標準分析服務

  1. Data Cleaning:去除Quality較差之數據確保後續分析的正確性。
  2. Assembly:序列組裝。
  3. Unigene Annotation:Unigene功能註解。
  4. Unigene Expression Analysis (Sample ≥ 2):Unigene表現量及樣品間表現差異分析。
  5. Gene Ontology & KEGG Pathway Analysis:Unigene功能及參與分子途徑分析。


Advanced Analysis
進階分析服務 (加選)

  1. Clustering/Heatmap (Sample ≥ 3):叢集分析 (樣品數需三個以上)。
  2. SSR Analysis (Simple Sequence Repeat):SSR分子標記分析 (限真核生物)。
  3. SNPs Calling:SNPs預測。
  4. 其他客製化分析。
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