RESEQUENCING

Resequencing NGS Service

對於已知序列物種之全基因體進行定序,第一步就是將這些定序完成的短片段與參考序列進行比對,透過軟體找出變異(Variants)與其改變之型態(SNPs or InDels),便可知道其改變是否會造成胺基酸變化;藉由NGS技術可快速了解基因型(Genotype)與表現型(Phenotype)之間的關連性為何,對於人類或動植物等方面之研究將更為直接而快速。 威健在後端分析除了提供自行編寫的分析流程外,亦可選擇使用威健全台獨家代理的DNAnexus雲端軟體,視覺化與人性化操作介面,對GWAS(Genome-wide Association Study)將更加簡單。


實驗流程

樣品條件

DNA QC 標準 :
Sample Type Genomic DNA (RNase Treat & Dissolved in Nuclease-free Water)
Amount ≧ 5 μg
Concentration ≧ 50 ng/μl
OD260/280 1.8-2.0 OD260/230 ≧ 1.8
Ration of gDNA Conc. Qubit / NanoDrop ≧ 0.7

定序策略

  1. Illumina Solexa Platform
  2. Paired-End / 30X 以上的定序量

威健在生物高通量實驗技術服務有相當專業且豐富的經驗。面對NGS熱潮,我們皆以客戶需求為優先考量,依照客戶預算與研究需要,經全盤評估後建議最佳定序量或實驗方式。專業而靈活的服務,每個步驟的用心都值得您信賴!

分析流程及內容


Standard Analysis
標準分析服務

  1. Data Cleaning:去除Quality較差之數據確保後續分析的正確性。
  2. Alignment:clean data與參考序列進行比對。
  3. Variants Calling:找出與參考序列之差異。
  4. Variants Annotation:預測每個核苷酸變異對胺基酸改變之影響。

Advanced Analysis
進階分析服務 (加選)

  1. Consensus Sequence:單一共同序列輸出。
  2. Copy Number Variation:基因拷貝數變異分析。
  3. Structure Variation:基因組結構變異分析。
  4. 其他客製化分析。
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