NGS RNA Level NGS Service

Transcriptome De novo

對於未知序列物種之mRNA進行定序及組裝,藉由組裝完成後之Unigene可進行基因表現及功能註解、蛋白質編碼區、分子途徑預測分析;另外針對Unigene亦可進行Microsatellite Markers (cDNA SSRs)的分析。因此透過次世代定序技術在非模式物種的研究可快速尋找且預測出有意義或表現差異的基因,並可透過客製化晶片設計進行進一步基因表現篩選及驗證實驗,而藉由NGS技術探索SSRs Marker在農林漁牧業的育種研究也成為未來的主流。


Transcriptome-Seq

完整分析轉錄過程中所有基因表現的概況,透過NGS技術將定序結果與參考文獻基因組序列比對,進而獲得基因表現及基因功能註解,而更高的定序量可深入探討到transcripts層級的基因表現(Alternative Splicing),另外除了這些已知的基因與Transcripts的資訊,Non-coding RNA (如LincRNA)也可能偵測到其表現的狀態;除此之外,透過Paired-End組裝的方式,還可以進行Novel Transcripts的預測。對於多樣基因表現分析,威健更提供顯著差異表現基因的Gene Ontology 、 KEGG Pathway分析及Clustering繪製。


Small RNA Sequencing

Small RNA為小片段的RNA(約18-40nt),透過NGS技術能快速呈現small RNA在生物體內表現概況,以目前短片段定序的技術而言幾乎都能完整讀取mature miRNA的全長序列訊息,並分析確認其來自於原始生物體中;除此之外,有別於以往miRNA Array的限制,除了比對現有miRBase的miRNA Database,這些比對不上的短片段序列還可透過軟體預測是否為Novel miRNA,這也是Small Non-coding RNA在NGS應用的最大價值所在。對於多樣品miRNA間表現分析,威健亦能提供顯Clustering繪製及miRNA Target Gene預測的分析。



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