16S rDNA SEQUENCING

16S rDNA Sequencing NGS Service

Metagenomics 的領域廣泛,較多為環境物種組成的研究,而 Ribosomal DNA 為不同物種間,保留程度相對較高的序列,因此也常被科學家用來作為分辨物種的依據。在 16S Ribosomal DNA 序列中有 V1~V9 九個序列變異性較大、可以用來分辨不同物種的區間,我們便針對其中的 V3-V4 區域設計引子放大該區域,並進行後續的 定序分析。


實驗流程

樣品條件

DNA QC 標準 :
Sample Type Genomic DNA (RNase Treat & Dissolved in Nuclease-free Water)
Amount ≧ 5 μg
Concentration ≧ 50 ng/μl
OD260/280 1.8-2.0 OD260/230 ≧ 1.6
Ration of gDNA Conc. Qubit / NanoDrop ≧ 0.7

定序策略

  1. Illumina Solexa Platform
  2. 300 Paired-End / 2Gb 以上的定序量

威健在生物高通量實驗技術服務有相當專業且豐富的經驗。面對NGS熱潮,我們皆以客戶需求為優先考量,依照客戶預算與研究需要,經全盤評估後建議最佳定序量或實驗方式。專業而靈活的服務,每個步驟的用心都值得您信賴!

分析流程及內容


Standard Analysis
標準分析服務

  1. Paired-End Merge :連接兩端 reads 來得到完整的 16s Amplicon 序列。
  2. Data Cleaning :去除 Quality 較差與嵌合體序列,以確保後續分析的正確性。
  3. OTU Clustering :將彼此一致性在 97% 的序列歸類在同一組別。
  4. OTU Annotation:對 OTU 代表序列進行註解。
  5. Alpha Diversity :物種豐富度評估。
  6. Beta Diversity : 樣品間物種差異評估。

Advanced Analysis
進階分析服務 (加選)

  1. PCA :反應樣品間差異程度。
  2. Heatmap :比較不同樣品間的物種組成。
  3. Phylogenetic Tree Analysis :根據 OTU 資訊進行演化樹分析。
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