RNA SEQUENCING

RNA Sequencing NGS Service

透過 NGS 技術將定序結果與參考文獻序列比對,進而獲得基因表現及功能註解,而更高的定序量及 Paired-End 定序方式可更準確深入探討到 transcripts 層級的基因表現 (Alternative Splicing),完整分析轉錄過程中所有基因表現的概況,另外除了這些已知的基因與 Transcripts 的資訊,亦可偵測到 Non-coding RNA (如 LincRNA) 之表現狀態;除此之外,透過組裝的方式也可以進行 Novel Genes 或 Transcripts 的預測。NGS 在基因偵測敏感度略高於 Microarray,為目前基因表現分析最主流的實驗篩選工具。


實驗流程

樣品條件

RNA QC 標準 :
Sample Type Total RNA (DNase Treat & Dissolved in Nuclease-free Water)
Amount ≧ 5 μg
Concentration ≧ 80 ng/μl
OD260/280 1.8-2.2 OD260/230 ≧ 1.8
28S/ 18S ≧1.5
RNA Integrity Number (RIN) ≧7

定序策略

  1. Illumina Solexa Platform
  2. Single End / 10M 或者 20M Reads 以上的定序量 (僅針對高度表現基因進行篩選)
  3. Single End / 30M Reads 以上的定序量 (可獲得更穩定之基因表現量)
  4. Paired-End / 2Gb 以上的定序量 (Gene Expression / Alternative Splicing / Novel Gene &
    Transcripts Prediction, <10,000 Genes)
  5. Paired-End / 4Gb 以上的定序量 (Gene Expression / Alternative Splicing / Novel Gene &
    Transcripts Prediction, >15,000 Genes)

威健在生物高通量實驗技術服務有相當專業且豐富的經驗。面對 NGS 熱潮,我們皆以客戶需求為優先考量,依照客戶預算與研究需要,經全盤評估後建議最佳定序量或實驗方式。專業而靈活的服務,每個步驟的用心都值得您信賴!

分析流程及內容


Standard Analysis
標準分析服務

  1. Data Cleaning: 去除 Quality 較差之數據確保後續分析的正確性。
  2. Alignment: 與參考序列比對。
  3. Genes & Transcripts Expression Analysis: 基因表現及樣品間表現差異分析。
  4. Gene Ontology & KEGG Pathway Analysis: 基因功能註解及參與分子途徑分析。
  5. Novel Genes & Transcripts Discovery: 新基因預測。


Advanced Analysis
進階分析服務 (加選)

  1. Clustering/ Heatmap (Sample ≥ 3): 叢集分析 (樣品數需三個以上)。
  2. PCA Plot。
  3. SNPs Calling: SNPs預測。
  4. 其他客製化分析。
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