MeDIP SEQUENCING

MeDIP Sequencing NGS Service

MeDIP-seq 可透過 5-mC 和 5-hmC 抗體來抓取辨認具有甲基化的 區域,區分出不同甲基化修飾的位置,其解析度大約 50-100 bp。 MeDIP-seq 使用 Whole Genome 進行實驗,可避免掉 RRBS 酵素作 用所造成的一些盲點。另外透過 IP 後的 DNA 片段進行定序,其定 序量與研究費用相對於 Whole Genome Bisulfite Sequencing 也較 低,對於全基因體甲基化的初步篩選是一個快速又可靠的方式。

 

實驗流程

樣品條件

DNA QC 標準 :
Sample Type Genomic DNA ( RNase Treat & Dissolved in Nuclease-free Water )
Amount ≧ 10 μg
Concentration ≧ 50 ng/μl
OD260/280 1.8-2.0 OD260/230 ≧ 1.6
Ratio of gDNA Conc. Qubit/ Nanodrop ≥ 0.7
1.5~2 % Agarose Gel Electrophoresis (確保 DNA 完整度)
 

定序策略

  1. Illumina Solexa Platform
  2. Single Read:20M reads 以上定序量
  3. Single Read:包 lane (提供針對 5-mc, 5-hmc 區域進行 IP 的服務)
 

威健在生物高通量實驗技術服務有相當專業且豐富的經驗。面對NGS熱潮,我們皆以客戶需求為優先考量,依照客戶預算與研究需要,經全盤評估後建議最佳定序量或實驗方式。專業而靈活的服務,每個步驟的用心都值得您信賴!

分析流程及內容

Standard Analysis
標準分析服務

  1. Data Cleaning:去除 Quality 較差之數據確保後續分析的正確性。
  2. Alignment:Clean data 與參考序列進行比對。
  3. Enrichment & Coverage Analysis:比較各樣品在 CpG 之覆蓋率。
  4. Peak identification:提供 reads 對回 Genome 的位置資訊。
  5. Peak annotation:提供 Methyl Site 在 Genome 之註解,篩選具差異性的甲基化區域。

 

Advanced Analysis
進階分析服務 (加選)

  1. 結合 RNA-seq data:進行 Gene Expression 分析。
  2. 其他客製化分析。
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