CHROMATIN IP SEQUENCING

Chromatin IP Sequencing NGS Service

透過次世代定序,將 IP 後的 DNA 片段與 Input 比對回 Reference genome,藉此可快速找出 Protein binding site ,並且進行 motif 分析。相較於 ChIP-on-chip 的分析方式,ChIP-seq 所需要的 DNA 樣品需求量少,除了可以得到 Whole genome 的實驗資訊之外也不 會受到探針設計的限制,分析的範圍更加全面。由此可知, ChIP-seq 在樣品量少的情況下,是篩選蛋白質結合位一個相當理想 的方式。


實驗流程

樣品條件

DNA QC 標準 :
Sample Type IP DNA ( Control/ Total Input )
[ RNase Treat & Dissolved in Nuclease-free Water ]
Amount dsDNA ≧ 10ng (Size:150-300 bp)
Concentration ≧ 1 ng/μl
OD260/280 1.8-2.0 OD260/230 ≧ 1.6

定序策略

  1. Illumina Solexa Platform
  2. Single End / 10M 以上定序量
    (針對 genome size 較小, 例如 fly, worm 等, 分析 DNA binding protein/ Transcription Factors 及相關 cofactor/ Histone Modification)
  3. Single End / 20M 以上定序量
    (針對 genome size 較大, 例如 human 等, 分析 DNA binding protein/ Transcription Factors及相關cofactor)
  4. Single End / 包 lane
    (針對 genome size 較大 例如 human 等, 分析DNA binding protein/ Histone Modification)

威健在生物高通量實驗技術服務有相當專業且豐富的經驗。面對NGS熱潮,我們皆以客戶需求為優先考量,依照客戶預算與研究需要,經全盤評估後建議最佳定序量或實驗方式。專業而靈活的服務,每個步驟的用心都值得您信賴!

分析流程及內容


Standard Analysis
標準分析服務

  1. Data Cleaning:去除 Quality 較差之數據確保後續分析的正確性。
  2. Alignment:Clean data 與參考序列進行比對。
  3. Peak identification:提供 reads 對回 Genome 的位置資訊。
  4. Peak annotation:提供 reads 在 Genome 之相近基因註解。
  5. Motif analysis:將所有找到 Binding Site 之序列進行 Motif 分析。


Advanced Analysis
進階分析服務 (加選)

  1. 結合 RNA-seq data:在特定區域進行 Gene expression 分析。
  2. 其他客製化分析。
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