GENOME DE NOVO

Genome de novo NGS Service

對於未知序列物種之全基因體進行定序及組裝,組裝完成後之Contig與Scaffold資訊可粗略估計該物種之全基因體大小,另外可進行基因、蛋白質編碼區等預測及註解分析;藉由NGS技術可快速的獲得這些未知序列物種在親源性演化上的差異,提供更全面而客觀的研究資訊。


實驗流程

樣品條件

DNA QC 標準 :
Sample Type Genomic DNA (RNase Treat & Dissolved in Nuclease-free Water)
Amount ≧ 5 μg
Concentration ≧ 50 ng/μl
OD260/280 1.8-2.0 OD260/230 ≧ 1.8
Ration of gDNA Conc. Qubit / NanoDrop ≧ 0.7

定序策略

  1. Illumina Solexa Platform
  2. Paired-End / 1Gb以上的定序量 (針對微生物等較小Genome之物種)
  3. Paired-End or Mate Pair (Gradient Insert Size) / 依物種層級及預估Genome大小個別設計

威健在生物高通量實驗技術服務有相當專業且豐富的經驗。面對NGS熱潮,我們皆以客戶需求為優先考量,依照客戶預算與研究需要,經全盤評估後建議最佳定序量或實驗方式。專業而靈活的服務,每個步驟的用心都值得您信賴!

分析流程及內容


Standard Analysis
標準分析服務

  1. Data Cleaning:去除Quality較差之數據確保後續分析的正確性。
  2. Assembly:以clean data進行組裝。
  3. Gene Prediction:針對Scaffold進行基因預測分析。
  4. Gene Functional Annotation:針對Scaffold進行蛋白質編碼區註解。


Advanced Analysis
進階分析服務 (加選)

  1. Sequence Comparison:兩樣品或與Reference Sequence相似度比較。
  2. SSR Analysis (Simple Sequence Repeat):SSR分子標記分析 (限真核生物)。
  3. Phylogenetic Tree Analysis:演化樹分析。
  4. 其他客製化分析。
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