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MeDIP (Methylation DNA IP) Sequencing

有別於Bisulfite Sequencing的方式,Cytocine Methylation亦可透過抗體來抓取辨認,這種方法稱之為MeDIP-seq,但相對於Bisulfite Sequencing而言,MeDIP-seq甲基化解析度並無法達到單一鹼基,僅能提供大約50-100bp,雖然其解析度較Bisulfite Sequencing差,且抗體免疫沉澱法先天就存在著再現性不佳的限制,但MeDIP-seq使用Whole Genome進行實驗,可避免掉RRBS酵素作用所造成的一些盲點,另外透過IP後進行定序,其定序量與研究費用相對於WGBS也較低,對於初步篩選出樣品在全基因組甲基化分佈仍是一種相當不錯的工具之一。


Chromatin IP Sequencing

探討Protein-DNA Interaction除了傳統的ChIP-on-chip的方式,NGS也提供了另一種更高解析度的實驗方法。ChIP-seq所需檢體量較過去Array低,另外也不會受到Array上探針設計的限制,因此更為全面,但值得注意的是只要使用抗體免疫沉澱就一定會遭遇到再現性的挑戰,且ChIP-seq DNA片段化的長度相對於Array需要更短,但這些缺點其實瑕不掩瑜,畢竟在檢體量較少且需獲得最完整Protein Binding Site資訊的實驗方式也僅有ChIP-seq可以達到。

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