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SMALL RNA SEQUENCING
Small RNA Sequencing NGS Service
Small RNA 為小片段的 RNA ( 約 18-40nt )，透過 NGS 技術能快速呈現 Small RNA 在生物體內表現概況，以目前短片段定序的技術而言幾乎都能完整讀取 mature miRNA 的全長序列訊息，並與參考文獻序列比對確認其來自於原始生物體；除此之外，有別於以往 miRNA Array 的限制，Samll RNA Sequencing 除了比對目前擁有最完整 miRNA Database 的 miRBase，這些比對不上的短片段序列還可透過分析軟體預測是否可能為 Novel miRNA；而 Small RNA Sequencing 的敏感度更高於 Microarray，因此對於多樣品間已知 miRNA 表現量差異分析等相關應用，使用 NGS 已變得相當廣泛。
實驗流程
樣品條件
| RNA QC 標準： | |||
|---|---|---|---|
| Sample Type | Total RNA (DNase Treat & Dissolved in Nuclease-free Water) | ||
| Amount | ≧ 3 μg | ||
| Concentration | ≧ 200 ng/μl | ||
| OD260/280 | 1.8-2.2 | OD260/230 | ≧ 1.8 |
| 28S/ 18S | ≧1.5 | ||
| RNA Integrity Number (RIN) | ≧8 | ||
定序策略
- Illumina Solexa Platform
- Single End / 5M Reads 以上的定序量 ( 高敏感度之偵測能力 )
- Single End / 10M Reads 以上的定序量 ( 高敏感度及高穩定表現之偵測能力 )
威健在生物高通量實驗技術服務有相當專業且豐富的經驗。面對 NGS 熱潮，我們皆以客戶需求為優先考量，依照客戶預算與研究需要，經全盤評估後建議最佳定序量或實驗方式。專業而靈活的服務，每個步驟的用心都值得您信賴！
分析流程及內容
Standard Analysis - 標準分析服務
- Data Cleaning：去除 Quality 較差之數據確保後續分析的正確性。
- Alignment：與參考序列比對。
- Known miRNA Expression Analysis：已知 miRNA 表現及樣品間表現差異分析。
- Novel miRNA Prediction (With Reference Genome)：新 miRNA 預測。
Advanced Analysis - 進階分析服務 ( 加選 )
- Clustering / Heatmap (Sample ≥ 3)：叢集分析 ( 樣品數需三個以上 )。
- 其他客製化分析。
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