SMALL RNA SEQUENCING
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Small RNA Sequencing NGS Service

Small RNA 為小片段的 RNA ( 約 18-40nt ),透過 NGS 技術能快速呈現 Small RNA 在生物體內表現概況,以目前短片段定序的技術而言幾乎都能完整讀取 mature miRNA 的全長序列訊息,並與參考文獻序列比對確認其來自於原始生物體;除此之外,有別於以往 miRNA Array 的限制,Small RNA Sequencing 除了比對目前擁有最完整 miRNA Database 的 miRBase,這些比對不上的短片段序列還可透過分析軟體預測是否可能為 Novel miRNA;而 Small RNA Sequencing 的敏感度更高於 Microarray,因此對於多樣品間已知 miRNA 表現量差異分析等相關應用,使用 NGS 已變得相當廣泛。


實驗流程

樣品條件

RNA QC 標準:
Sample Type Total RNA (DNase Treat & Dissolved in Nuclease-free Water)
Amount ≧ 3 μg
Concentration ≧ 200 ng/μl
OD260/280 1.8-2.2 OD260/230 ≧ 1.8
28S/ 18S ≧1.5
RNA Integrity Number (RIN) ≧8

定序策略

  1. Illumina Solexa Platform
  2. Single End / 5M Reads 以上的定序量 ( 高敏感度之偵測能力 )
  3. Single End / 10M Reads 以上的定序量 ( 高敏感度及高穩定表現之偵測能力 )

威健在生物高通量實驗技術服務有相當專業且豐富的經驗。面對 NGS 熱潮,我們皆以客戶需求為優先考量,依照客戶預算與研究需要,經全盤評估後建議最佳定序量或實驗方式。專業而靈活的服務,每個步驟的用心都值得您信賴!

分析流程及內容


Standard Analysis - 標準分析服務

  1. Data Cleaning:去除 Quality 較差之數據確保後續分析的正確性。
  2. Alignment:與參考序列比對。
  3. Known miRNA Expression Analysis:已知 miRNA 表現及樣品間表現差異分析。
  4. Novel miRNA Prediction (With Reference Genome):新 miRNA 預測。

Advanced Analysis - 進階分析服務 ( 加選 )

  1. Clustering / Heatmap (Sample ≥ 3):叢集分析 ( 樣品數需三個以上 )。
  2. 其他客製化分析。
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