OPENARRAY
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單核苷酸多態性 qPCR Array 服務 SNPs qPCR Array Service

隨著定序解碼能力增強，使得越多的單核苷酸多型性 (Single nucleotide polymorphism，簡稱 SNP) 被獲得，且研究顯示 SNP 多與外表性狀、遺傳疾病有相關性，如鐮型血球貧血症 (Sickle cell anemia)；為了證明疾病與 SNP 的關聯性，樣品數目需數百甚至數千，才具有統計意義，然而常見分析方式由於價格過高或分析時間冗長，使得研究者止步，但於近年 OpenArray SNP 系統的問世，能使客戶以更經濟實惠的價格取得分析資料。

OpenArray SNP 分析原理承襲於 real time PCR 的 Taqman probe 偵測方式，採取 PCR end-point 的 Fam 及 Vic 螢光強度結果進行 SNP 分型，並在每片 plate 上的 3072 個 through-hole，放置 ABI 公司設計的 Taqman probe，並利用 plate 上特殊的親疏水性設計構造，方便承載近百個樣品，而每個 sample 的 PCR 反應量 DNA 僅需 0.825ng，且分析結果相當於 real time PCR 獲得的數據。

因此本系統具有下列特性：

  1. 大量的 SNP 基因數及檢體可利用少量的時間和費用即得到確認。
  2. 使用 OpenArrayTM 平台可降低進行反應的檢體體積 ( 低於一般 real-time PCR 操作方法約 50 倍 )，尤其適合檢體取得不易的樣品。

詳細規格

可分析不同 SNP 數 Openarray plate 訂購單位 每單位可分析總樣品數
16 10 1278
32 10 846
64 20 874
  1. 每片皆含有一個 negative control 及一個 positive control。
  2. Openarray plate 需以各規格最小訂購單位的倍數進行訂購，假如欲分析的樣品數目大於每單位可分析總樣品數，則需再加購一單位 Openarray plate。如 16 assay 可進行 1278 sample，若超過 1278 sample 則需加訂 10 片。

樣品條件

檢體類別：溶於水中 DNA

DNA QC 標準：
DNA 濃度 DNA 總量 OD260/280
≧ 50 ng/μL ≧ 1000 ng (體積 20 μL以上) ≧1.7
待測 target SNP 於 NCBI 資料庫的 SNP ID。如：rs4248166

其他檢體 ( 組織、血液、細胞 )：檢體條件請參考核酸萃取的檢體條件


實驗流程

報告內容

  1. Openarray 原始檔案。
  2. SNPs QPCR Array 報告：包含委託資料及訊息，Openarray SNP 實驗結果說明，委託分析結果以 summary 說明，各基因於各 sample 分析的結果，OpenArray Rox 螢光分析圖形。
  3. SNPs QPCR Array 報告檔案範例下載。

Reference

  1. Pomeroy, R., et al. (2009). A low-cost, high-throughput, automated single nucleotide polymorphism assay for forensic human DNA applications. Anal Biochem. 395(1):61-7. PMID: 19646946 [PubMed - in process]
  2. Roberts, D., et al. (2009). A nanoliter fluidic platform for large-scale single nucleotide polymorphism genotyping. BioTechniques 46:Pix-Pxiii.
  3. Arkin, D. E., et al. (2009). Multiple Independent Genetic Factors at NOS1AP Modulate the QT Interval in a Multi-Ethnic Population. PLoS ONE 4(1): e4333. doi:10.1371/journal.pone.0004333
  4. TCF7L2, dietary carbohydrate, and risk of type 2 diabetes in US women. Am J Clin Nutr 89: 1256-1262. doi:10.3945/ajcn.2008.270585.Han, J., et al. (2008). A genome-wide association study identifies novel alleles associated with hair color and skin pigmentation. PloS Genet 16:e1000074
  5. Qi, L., et al. (2008). The common obesity variant near MC4R gene is associated with higher intakes of total energy and dietary fat, weight change and diabetes risk in women. Hum Mol Genet 17:3502-3508.
  6. Gu., F., et al. (2008). Interleukin and interleukin receptor gene polymorphisms and susceptibility to melanoma. Melanoma Res. 18(5): 330–335. doi:10.1097/CMR.0b013e32830658b2.
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