METHYLATION

DNA 甲基化晶片服務 Methylation Microarray Service

表觀遺傳學 (Epigenetics) 是研究在非 DNA 序列改變時,基因功能改變的科學,最重要為 DNA 甲基化。DNA 甲基化會加強組蛋白 (Histone) 與 DNA 緊密程度,致使轉錄相關因子不易結合使得基因表現下降甚至抑制,目前研究已知與許多 Cancer、Development、Genomic imprinting 現象有關。
CpG island 如出現於基因之5' 端或 promoter 區域,便是甲基化影響基因表現的重要位點,約有 60% 基因 promoter 具有 CpG islands,而人類基因組更有約 28,500 CpG islands、小鼠基因組有約 16,020 個被定義在資料庫中。

現今用於研究 DNA 甲基化的工具中,Microarray 為最有效率的檢測系统。 Agilent Microarray Features Agilent CpG island Microarray 之探針設計是在針對資料庫中 CpG island 位置向左右各延伸 95bp 的範圍區間內進行設計,每個探針平均約間隔100 bp。 嚴謹的探針設計及 60-mer 長度oligo 使得專一性及靈敏度大大提高,配合 Agilent microarray 平台,以獲得優良的實驗結果。

Applications

  1. Cancer Research
  2. Embryonic stem cell development
  3. Genomic imprinting
  4. Integrated analysis with gene expression data

詳細規格

Agilent 目錄晶片提供 Human 1M 及 Mouse 1M 規格,已涵蓋 UCSC CpG Island (CGI) 的 table 所列之位點

Species Content Database
Human CpG Island 27,627 expanded CpG islands and 5,081 UMR region UCSC hg18
33,202 Refseq genes
5.5 kb promoter region ( -4.0 kb upstream to +1.5 kb downstream)
1 X 1M
Mouse CpG Island 16,030 CpG islands UCSC mm8
33,474 RefSeq genes
6.0 kb promoter region ( -4.5 kb upstream to +1.5 kb downstream)
1 X 1M
Custom Tiling Microarrays Customizable number of slider per kit, and number of microarrays per slide  
Probe design and selection have been carefully optimized and validated for maximal sensitivity and apecificity
Content tiles the entire genome
Genome-wide design or zoom-in designs available for unparalleled resolution, flexibility, and convenience
1M, 2 X 400K, 4 X 180K and 6 X 60K

目錄晶片外,威健另外提供客製化晶片,可做不同組合變化,靈活度大大提升。

樣品條件

檢體類別:DNA、Tissue、Cell line、Blood

DNA QC 標準:
DNA 總量 OD260/280 size
≧10 ug 1.8~2.0 >200 bp
  • 檢體品型式為 purified DNA,由於 RNA 會影響定量,也可能干擾後端標定,需請特別留意去除。
  • 實驗設計以 Normal IgG 免疫沉澱者為參考樣品時,樣品總量需增至 15 ug。
其他檢體:檢體條件請參考核酸萃取的檢體條件

實驗流程

流程說明
DNA QC 檢查
準備 DNA,以超音波將 chromatin 片段化至長度 200~500 bp
磁珠與 5-methyl cytidine 抗體結合
以磁珠/ 抗體 complex 進行免疫沉澱實驗,純化 DNA
以 WGA kit 進行放大 (視需要) 
註:一般免疫沉澱後的 DNA 約有 200 ng,不需經過 WGA kit 做放大,僅有少部分特殊案例需要進行放大。
螢光標定:片斷化 DNA 進行螢光標定,實驗組的 input DNA 標定 Cy5 螢光,對照組 DNA 標定 Cy3
晶片實驗:實驗組 DNA 與對照組 DNA 雜交反應,Wash 晶片後進行晶片掃描。
Data 輸出:由於類似 ChIP on chip 的原理,目前採用 DNA analytics 分析,輸出 "bound"

報告內容

Methylation Microarray 報告內容

報告內容 報告產出 說明 格式
原始數據 Scanning image Combined Cy3,Cy5 image TIFF, JEPG
Raw data Feature Extraction 軟體輸出 txt
Design file 所用晶片原始 design file xml
以分析軟體協助輸出之數據 Probe report 以分析軟體協助判定是否 bind Tsv, 可用Excel 開啟

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